Les myrtilles font face à un fléau. Comme de nombreuses cultures, elles sont constamment attaquées par des infections fongiques, mettant en danger les cultures, augmentant les coûts et la main-d'œuvre et menaçant la sécurité alimentaire. Dans le cas des myrtilles, un ennemi trompeur est la maladie de Mummy Berry. Causé par le champignon Monilinia vaccinii-corymbosi, ou Mvc, il attaque à la fois les bleuets sauvages et cultivés, avec des pertes de récolte allant jusqu'à 80%, selon l'American Society for Plant Pathology.

La maladie de la momie peut causer beaucoup de dégâts aux États-Unis, le plus grand producteur mondial de fruits. Selon le département américain de l'Agriculture, les agriculteurs américains ont cultivé plus de 2019 millions de livres de myrtilles en 670, pour une valeur totale de la récolte supérieure à 900 millions de dollars.

Mvc utilise le mimétisme et le subterfuge dans son assaut. Le champignon déclenche deux phases de brûlure sur les plants de bleuets, tout en évitant les défenses de l'hôte. Le mildiou dégrade d'abord les pousses, les feuilles et les jeunes pousses. Le champignon imite alors un tube pollinique pour coloniser les fleurs matures. Une fois intronisé, Mvc consomme les baies en développement de l'intérieur, les transformant en enveloppes "momifiées" ridées, pâles et remplies de champignons qui tombent au sol, libèrent des spores et recommencent le cycle.

Phase Genomics s'est associé à une équipe de la North Carolina State University et de l'Université de Floride, utilisant la technologie de ligature de proximité Hi-C pour séquencer et assembler le génome complet de Mvc. Récemment publié, ce montage nous montre déjà comment le champignon réalise la duplicité et les rotules des défenses de la myrtille. Par exemple, certains gènes Mvc pourraient arrêter la production de salicylate, l'une des défenses anti-pathogènes de la myrtille. D'autres gènes Mvc produisent des facteurs pour dégrader les tissus de l'hôte, de sorte que le champignon peut s'installer à l'intérieur des baies fraîchement momifiées.

Les informations glanées dans le génome du Mvc pourraient révéler des cibles pour de nouveaux traitements antifongiques spécifiques et d'autres interventions pour sauver des plants de baies en ruine. Ils soulèvent également de nouvelles questions pour la recherche sur Mummy Berry. Par exemple, les souches Mvc peuvent employer différentes stratégies d'accouplement, basées sur les variations de l'emplacement du type d'accouplement que nous avons découvert entre l'isolat de référence et une seconde souche. De plus, le génome du Mvc détient probablement plus de secrets sur son mimétisme remarquable, comme la façon dont il incite les pollinisateurs à penser que les tissus malades sont des fleurs pendant la phase précoce de la brûlure, un canular qui aide à propager des spores aux fleurs de bleuet.

"En étudiant les fondements génétiques du cycle de vie et de la virulence du Mvc, son développement, ses stratégies d'accouplement et les adaptations de l'hôte, nous acquérons le type de connaissances fondamentales nécessaires pour développer et mettre en œuvre des solutions de gestion durable des maladies", a déclaré l'auteur principal, le Dr Hamid Ashrafi, professeur adjoint à la North Carolina State University.

Les proches parents de Mvc comprennent des dizaines d'espèces qui infectent d'autres baies, ainsi que des fruits à noyau et des pépins. Seul le temps nous dira lequel des secrets que nous apprenons sur le Mvc s'appliquent à ces agents pathogènes. Mais ces efforts illustrent à quel point des méthodes génomiques puissantes comme la ligature de proximité Hi-C produisent des génomes de haute qualité qui ouvrent le rideau sur la théâtralité mortelle de ces agents pathogènes, ce qui donne un avantage aux cultures.