HRM, technique innovante de détection de Botrytis pseudocinerea, une espèce récemment découverte dans les fruits et les cultures
Laboratorios Diagnofruit Ltda., Est une société chilienne fondée en l'an 2012 par des agronomes, dans le but de développer la recherche et de fournir des services qui répondent aux besoins de l'industrie fruitière du pays.
Parmi ses clients figurent certains des principaux exportateurs du pays, tels que Frusan, Dole et Subsole, des sociétés de produits agrochimiques et des associations commerciales telles que le Comité Kiwi.
En plus du diagnostic de la qualité des fruits - outil qui aide les exportateurs dans le processus de ségrégation des vergers à des fins de garde prolongée - Diagnofruit est un développeur actif de techniques et de technologies pour la détection, le diagnostic des agents pathogènes et l'étude des relations phylogénétiques entre espèces , pathovars et / ou génotypes.
Dans ce dernier domaine de développement, Diagnofruit, en coopération avec le Centre de recherche biomédicale de l'Université autonome du Chili, a mis au point une technique extrêmement sensible et très efficace pour la détection de deux espèces importantes du genre. Botrytis cinerea, comment il est Botrytis cinerea et Botrytis pseudocinerea.
Pourquoi est-il important de savoir quelle espèce de botrytis domine au sein de ma culture?
Il existe certaines variantes cryptiques et sympatriques du botrytis, ce qui signifie qu'elles ne peuvent pas être différenciées à l'œil nu et qu'elles peuvent occuper le même niche écologique. La recherche sur le raisin de table au cours des années 90 en France et plus récemment au Chili, caractérisée B. pseudocinerea naturels et intrinsèquement résistants au fenhexamid, des isolats résistants à la molécule ont été détectés même sans avoir reçu d’applications de fenhexamid auparavant.
Cette caractéristique importante conditionne la conception de programmes de lutte chimique basés sur la population de botrytis dominante sur le terrain, ce qui génère l’importance de connaître la fréquence des deux espèces.
Quelle est cette nouvelle technique?
La technique est basée sur une variante de qPCR et s'appelle HRM pour son acronyme en anglais (High Resolution Melting). Cette technique, entre autres caractéristiques, permet de détecter des variations minimes dans le génome de tout organisme, en permettant de discriminer entre B. cinerea et B. pseudocinerea.
Quels sont les avantages de la GRH par rapport aux techniques conventionnelles?
La technique classique comporte plusieurs étapes et souvent, si l'extraction de l'ADN n'est pas assez efficace, elle génère des bandes difficiles à visualiser dans un gel d'agarose typique.
La technique HRM n’utilise pas de gel d’agarose, mais elle est une interprétation directe d’un petit secteur du génome du champignon. Elle est donc beaucoup plus efficace et efficiente, réduisant les temps d’analyse dans un 55% et augmentant la sensibilité de détection de manière significative.
Comment la saison est projetée en termes de qualité et de conservabilité d'espèces fruitières telles que les raisins, où des variétés telles que Thompson S. sont très sensibles aux attaques de B. cinerea et B. pseudocinerea?
Héctor García, directeur général de Laboratorios Diagnofruit Ltda., A déclaré que "Bien que le printemps ait été très chaud dans la zone centrale, au-dessus de la normale et par vagues de chaleur successives, généralement positif si le risque est bien géré, il a été détecté que les fortes chaleurs en été peuvent causer des problèmes de maturation (précocité) accompagnée d'une plus grande difficulté d'accumulation de matière sèche due au stress thermique, même comportement observé chez les premières cerises cette année ».
"En termes de colonisation par le botrytis en fleur, il existe deux réalités très marquées: dans les premières zones où il pleuvait près de la fleur, le contrôle était déficient, le risque de développement d’infections au cours de la récolte et de la post-récolte étant élevé, générés avec nos clients des plans de gestion spécifiques dans ces unités. Par contre, les zones de floraison tardive présentaient, en général, des niveaux de colonisation par le botrytis à des fréquences plus basses, entraînant un fruit moins risqué."Il a ajouté.
Source: Portail des fruits
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